Nadměrné obohacování půdy nebo vody živinami (eutrofizace) je příčinou mnohých velkých posunů ve složení rostlinných a živočišných společenstev v krajinném měřítku. Na první pohled by se mohlo zdát, že přemíra dobrot snad nemůže v přírodě nikomu uškodit. Nejvyšší druhová diverzita však bývá zpravidla na středně bohatých stanovištích. Dostatek nebo přebytek živin, hlavně dusičnanů nebo fosforečnanů, vede ke zvýhodnění jednoho nebo několika málo konkurenčně zdatných druhů, které začnou vytvářet velké množství biomasy a potlačí ostatní druhy. Eutrofizaci urychluje přísun živin zvenčí (vypouštění odpadních vod, hnojení, spad z atmosféry) a také snížení nebo zastavení odběru živin ze systému ven (když se louka přestane kosit a seno se přestane odvážet nebo když se přestane lesní hrabanka těžit jako stelivo). Některá stanoviště, jako například lužní lesy ve středním Polabí, jsou přirozeně eutrofní, zatímco třeba rašeliniště ve vyšších polohách Brd (vrchol Toku) nebo na Rakovnicku (Rybníčky u Podbořánek) patří mezi typicky živinami chudá stanoviště. Tajemstvím květnaté louky s orchidejemi nebo přehrady bez vodního květu zůstává správná míra v úbytku nebo přísunu živin.
Znečišťování (kontaminace) prostředí je na první pohled nenápadné, ale všudypřítomné. A v tom spočívá jeho hrozba. Lidská civilizace produkuje velké množství pevného, tekutého i plynného odpadu. Zatímco třeba skládky jsou problémem převážně lokálním, znečištění vody nebo vzduchu nerespektuje žádné hranice. Velice nebezpečné jsou biologicky aktivní, nebo dokonce toxické látky, hlavně těžké kovy nebo pesticidy. Mnohé se mohou kumulovat ve tkáních živých organismů a přenášet v potravních řetězcích. Z výfukových plynů a průmyslových emisí vzniká působením slunečních paprsků fotochemický smog, jehož složkou je jedovatý ozón. I když je v našich silách proces pokračujícího znečišťování omezit nebo zastavit, nedovedeme se často smířit s tím, že by to pro nás někdy mohlo znamenat pokles životního komfortu.
Neofytizace je pojem popisující obohacování původní květeny cizorodými prvky. Na našem území zdomácňují a šíří se cizí rostlinné druhy zplanělé z výsadeb nebo zavlečené z jiných zemí a kontinentů. Podobné procesy samozřejmě existují i v živočišné říši, jen pro ně pravděpodobně dosud chybí výraz. Celkově vzato se v naší krajině formuje neobiota. Zdálo by se, že půjde jen o přírodovědnou zvláštnost, ale to jen do té doby, než se některý nový organismus utrhne ze řetězu a začne se šířit v krajinném měřítku: začíná biologická invaze. Pokud invazní druh přitom navíc začne měnit své prostředí a vytlačovat původní společenstva, jde do tuhého. Plzák portugalský se u nás v posledním desetiletí stal noční můrou zahrádkářů, listí napadené klíněnkou jírovcovou se pálí pod dohledem úřadů státní správy, hubení bolševníku velkolepého je předmětem celonárodních programů. I do budoucna půjde jen velmi těžko zamezit zavlékání a šíření nových cizích druhů, takže řešením musí být bedlivé sledování a odhalování možných vetřelců na samém začátku jejich tažení.